История ислама в России началась со взятия арабами-мусульманами в 651 году города Дербента в Дагестане, где была построена первая мечеть еще в восьмом веке.
Также, стоит отметить, что на территориях, которые сейчас являются частью России, были независимые исламские государства в течении тысячелетия – от начала Волжской Булгарии до завершения Кавказской войны: мусульмане проживали в течение всего этого периода как на территории русских княжеств, так и на территории Российской империи.

После того, как в Казань приехала императрица Екатерина II в 1767 году, в России позиции ислама начали восстанавливаться. Благодаря тому, что императрица сняла все ограничения, которые существовали на строительство каменных мечетей, а также общественных зданий мусульман, а потом выпустила исторический указ "О терпимости всех вероисповеданий", который положил начало в России периоду межконфессиональной толерантности. Вскоре после этого в России появилась по указу императрицы первая официальная мусульманская организация - Оренбургское магометанское духовное собрание. Тогда же был назначен глава мусульман России, муфтий, чью кандидатуру утверждал император. Местом собрания была Уфа, а муфтии и их помощники, а также основное число мулл назначались из числа казанских татар.

В 1817 году указом Александра I было создано Министерство духовных дел, в котором было указано, что муфтия должно избирать мусульманское общество, и в 1836 году то же положение вошло в Устав Департамента духовных дел иностранных исповеданий. Но реальное положение дел было иным: муфтия все также назначал император, опираясь на представление министра внутренних дел, и закон вступил в силу только в 1889 году после внесения соответствующего изменения в законодательство Государственным Советом.

В начале существoвания Сoветского Сoюза, правительство вело достаточно приятную политику в отношении мусульман, по сравнению с другими религиями. Мусульман активно привлекали для действий по свержению царского режима, а после, соответственно, для поддержания советской власти.

Первый всероссийский съезд мусульман прошел в сентябре 1920 года в Уфе, председателем был Г. Баруди. На этом съезде было основано ЦДУМ (Центральное духовное управление мусульман), которое стало преемником Оренбургского магометанского духовного собрания на территории Казахстана, Сибири и Европейской России.
Устав ЦДУМ был утвержден в 1923 году НКВД РСФСР, полномочия организации распространялись на Сибирь, Европейскую часть РСФСР и Казахскую АССР. В 1925 году была создана инструкция Наркомпроса, которая позволяла преподавать в мечетях только людям старше четырнадцати лет и после окончания начальной советской школы.

В южных республиках в конце 70-х годов и начале 80-х исламские религиозные призывы к борьбе начали активизироваться, после Афганской войны и революции в Иране. В результате ЦК КПСС принял постановление «О мероприятиях по противодействию попыткам противника использовать «исламский фактор» во враждебных целях» в 1981 году, после в 1983 году оно было дополнено постановлением «О мерах по идеологической изоляции реакционной части мусульманских священнослужителей». Благодаря этому официальное отношение к исламу стало дружелюбнее, особенно в период перестройки после того, как в 1989 году было отпраздновано 1100-летие принятия Ислама в России.

Сегодня в России функционирует более сорока муфтиятов или Духовных управлений мусульман, подразделяющихся на мухтасибаты и кызыяты. Существует всего три организации, которые выполняют централизованные функции: ЦДУМ, которое располагается в Уфе, СМР или Совет муфтиев России, который располагается в Москве, а также КЦМ СК или Координационный центр мусульман Северного Кавказа. Между СМР и ЦДУМ периодически возникает противостояние, и результатом этого становится появление в некоторых регионах страны параллельных мусульманских структур управления.